不会，不会，不会。
所谓阿笠博士就是幕后BOSS的说法早就证实是某些自以为是的好事者的谣言了。
事实上，所谓乌丸莲耶是组织Boss的说法目前也没有定论，仅仅是工藤优作的一个猜想罢了，毕竟活到现在已经是几百岁，尽管组织上一直在研发奇奇怪怪的药物，但这种设定已经非常脱离现实，这对于柯南世界观来说并不符合。
其次，乌丸莲耶不是BOSS，多的是人可以当这个BOSS，为什么就非得是陪柯南一行人一起出生入死多年的阿笠博士呢？
从人际关系上，阿笠博士一直是工藤优作的好友，工藤新一年轻人看不出来还说得通，工藤优作这种老狐狸难道还看不出蛛丝马迹吗？
从人物感情上，在剧场版《侦探们的镇魂曲》一集中，由于少年侦探团一行人手腕上都被挂上了炸弹却浑然不自知，并且警方和柯南都没有确切的把握将炸弹拆除的情况下，阿笠博士当即决定，无论发生什么，自己都要在这个房间里陪孩子们一起。
这是什么意思？阿笠博士没啥亲人，身边的好友就全在这个房间里了，他这就已经是做好了和孩子们一起死的准备，请问堂堂黑衣组织的大佬是可以这样开玩笑一样的死掉的吗？手底下的人还活不活了？
更不用说后来的大部分时间里，灰原哀是住在阿笠博士家里的。而灰原哀本就有一个可以感知黑衣组织人气息的设定，虽然过于玄学我们不予采信，但住在同一个屋檐下，各种小动作都在眼皮子底下，时间一长哪有不露馅的呢？难不成黑衣组织的老大是纯入股性质的甩手掌柜？
综上所述，乌丸莲耶目前是最有可能的黑衣组织Boss，但不管这个人是谁，都不会是阿笠博士。
题主说实话让人看不懂，乌丸莲耶现在没有正式露面，说已经死了也没有什么不妥，但后半句的安排阿笠博士当组织boss这种说法就有个前置条件，那就是阿笠博士是黑衣组织的成员之一，或者跟黑衣组织有某种关系，不然凭什么把boss的位置给阿笠博士。
首先来说，阿笠博士不可能是boss，很早以前官方就澄清过这个谣言，其次就是阿笠博士也不可能与组织有关系，不然不会这么帮助柯南和小哀，完全可以把柯南这个大障碍的清除掉，所以这个方向也不对，只能把阿笠博士当初红方阵营里的一个角色。
至于乌丸莲耶是否已经死了，我觉得倒不是主要的，即使他还活着我想“那位先生”也不太可能是他，就算死了，那就只能说是组织的创建者，第一代的首领人物，实际上掌权的是那位先生和朗姆。
