双方能够坐下来进行协商，在平等的状态下，没有任何外来干涉和逼迫的环境里，签订的任何离婚协议条款都是合法的。如果双方的意见不能统一，协议不成，才是走法律的程序起诉到法院，依法解除婚姻的。
正如楼主所说，起诉离婚后是否还可以协议离婚的，当然可以了，别说你们有了统一的意见，能够坐下来协议离婚，就算你们不想离婚了，要撤销起诉离婚的诉状，随时都可以，这是你们的权利，是合法的权利就会受到法律的保护。
不过，既然你们最终的目的还是要离婚的话，也可以在法院的调解下，双方协议离婚的。只要详细的拟定了协议的条款内容，落实好离婚后双方心须履行的责任和义务。例如，共同财产的分割和对未成年孩子的抚养问题。又何必又多此一举，这边要撤销起诉，那边又跑到民政局申请离婚，也不怕多事，累不累呀！
对于你，不知道你所问的是起诉离婚后是否还可以去民政局离婚，还是指的是通过法院调解离婚？
一般情况下，如果你已经起诉离婚，那么就直接等待法院出判决就好了，但是如果你们夫妻双方可以在法庭上进行调解，法院也可以直接给你们出调解书，调解书和判决书，其实都是差不多，都是法律出具的司法文书，都可以直接导致你们正式的离婚结果，不论你收到了判决书，还是调解书，都已经算是正式离婚，不需要再去民政局补办离婚手续了。
还有一种情况就是你虽然向法院起诉了离婚，但是由于种种原因，你又申请撤诉了，那么等于你没有最终走完司法程序，这时候你依然可以重新选择，是继续重新起诉，还是直接到民政局起诉离婚？这个都是不影响的，因为你撤诉之后等于法院没有出判决，还没有正式离婚，可以重新进行选择。
