一、房屋没有办理相关的证照
一般情况下，无论是在征地拆迁中还是违法建设整治过程中，只要房屋没有相关的证照，通常都会被认定为违法建筑。对于这样的房屋，相关部门往往会对当事人作出相关的处罚决定，比如限期整改通知书，限期拆除通知书等。对此，凯诺律师要提醒大家的是，当事人在收到相关文件的时候一定要及时的审查该文件的合法性，看看作出该文件的单位是否有行使行政职权的权利。、二、在耕地或是基本农田上建设的房屋
根据《土地管理法》中的规定，禁止占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等；禁止占用永久基本农田发展林果业和挖塘养鱼。建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，必须要办理农用地转用审批手续，永久基本农田转为建设用地的，必须要由国务院批准。
实践中，常有人在未经批准的情况下擅自占用耕地建设房屋，这样的房屋即使建成也会被认定为违法建筑予以没收或是被拆除，并且，这样的房屋在遇上拆迁时，同样也会被认定为违法建筑且不予补偿。
三、农村小产权房
小产权房是指在农村集体土地上建设的房屋，未办理相关证件，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村颁发，亦称“乡产权房”。“小产权房”不是法律概念，是人们在社会实践中形成的一种约定俗成的称谓。购房合同在国土房管局不会给予备案。
一般情况下，小产权房在遇上征地拆迁时，通常就会被征收方认定为违法建筑而不予补偿。
作为在农村从事了多年村建国土管理工作的笔者，特结合现行政策和工作实际作答。
总体上来讲，农村房屋被认定为违建有在3 种情况：未批先建、批后乱建、擅自改（扩）建。
第一种情况：未批先建，即没有取得宅基地审批和乡村建设规划审批，就擅自动工修建。目前这一种情况在一些地方还不同程度地存在，虽然经过这些年来持续的整治和打击总体有所减少。这一种情况从去年7月开始，绝对是整治打击的重点，用最高层的说法是“零容忍”。
第二种情况：批后乱建，即有完整的审批手续但却不按审批的情况来建，如擅自扩大宅基地面积、擅自加层等，这里重点整治和打击的又是擅自扩大宅基地面积（特别是又擅自占用了基本农田的）。至于擅自加层的，只要不超过当地规定的建筑层数，可以重新办理乡村建设规划手续。
第三种情况：擅自改（扩）建，即不先办理改（扩）建的手续，就擅自建设。对于这一种情况，管理也是越来越规范，越来越严格，改（扩）建后办不了产权倒是小事，关键的是作为了重点整治和打击的对象就麻烦了。其实，只要是本村村民，改（扩）建手续还是比较好办的（若涉及扩大宅基地面积相对难一点，限制条件也要多一点），而且一些地方已允许户口已转为城镇的人员原址原面积改建农房了。
